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批判の声及び猫パルボウイルス感染症の発生

猫を売りとした営業を開始した当初から、鉄道模型のジオラマを猫に破壊させるといったことから一部の鉄道模型ファン及び他の鉄道模型店従業員等からの評判は総じて悪く、特に1階で飼育されている猫は破壊行為による誤飲や怪我を懸念する声が鉄道模型ファンや保護猫活動家などから挙がっている。
なお、これらに対してX(旧Twitter)で苦言を呈する物なら問答無用でブロックされる。
2022年7月下旬には、松山から引き取った仔猫から猫パルボウイルス感染症が感染拡大し、事前にワクチンを接種させていなかった等の理由から十分な対策を取れず、結果として22匹の猫が死亡した。(現在は対策を講じた上で再開済み)
最初の情報発信は公式によるものでなく来店客の証言であり、証言した客やその他苦言を呈した客は常連を含め公式グループLINEやTwitter等を全てブロックされ、公式がウイルスの蔓延を認め1ヶ月の休業を決定したのは来店客の証言によりTwitter上でウイルスの蔓延について情報が流れ始めた約1週間後のことだった。
なお、ジオラマ食堂はウイルス排出期間中に学生の実習受け入れを行っている。
その他、保健所から禁止されているペット用品のコインランドリーでの洗濯や、店主が口から吐き出したサツマイモをその場にいた猫に食べさせる、生後間もない仔猫や風邪を引いた猫を接客スペースに放す等の行為から大阪市動物管理センターから幾度か行政指導を受けている他、元常連客や元店舗スタッフからも、猫が死亡した様子をYouTubeで生配信する等の保護猫の取り扱いについて苦言を呈す証言がX(旧Twitter)上等にあがっている。
2023年8月には、保護した4〜7歳程のメスの成猫をシェルターから屋外へ脱走させる事態も起きている。
その後発見されたかは不明。